呼吸酶包括呼吸链上的重要酶，即琥珀酸脱氢酶、NADH2脱氢酶、细胞色素氧化酶等，这些酶在真核细胞中位于线粒体内膜，而在原核生物中位于细胞膜上。
而血红蛋白是高等生物的血液红细胞（原核生物和低等真核生物无）负责运载氧的一种蛋白复合体，由四条链或亚基组成，两条α链和两条β链，每一条链有一个包含一个铁原子的环状血红素，氧气结合在铁原子上，被血液运输。
以上是阐述二者功能区别，在基因表达调控方面，呼吸酶由线粒体基因控制表达，而血红蛋白由细胞核基因控制表达。
呼吸酶是呼吸作用中的催化剂，而血红蛋白是氧气的运输载体
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